desorganizar

Desarticular se usa cuando algo estaba armado o coordinado (un plan, una banda) y se deshace su estructura para que no funcione; desorganizar es más general y se refiere a que algo pierde su orden y se vuelve un caos, sin idea de estructura previa.
«El cambio de horario desorganizó toda la oficina.» · «La policía desarticuló la red de contrabando.»

Desorganizar se usa más para sistemas, grupos o planes que dejan de funcionar bien, mientras que desordenar se usa para cosas físicas que pierden su colocación.
«La renuncia del jefe desorganizó todo el equipo.» · «Los niños desordenaron los libros del estante.»