Destrucción total
Ambas palabras describen la destrucción completa de algo, pero se diferencian en el modo y el matiz.
aniquilación
Implica una acción violenta e intencionada que elimina por completo, como en una guerra.
Acción de destruir algo por completo hasta que no quede nada
«El ejército buscaba la aniquilación total del enemigo.»